Pengurutan Shotgun

Dalam ilmu genetika, pengurutan shotgun adalah sebuah metode untuk mengurutkan untai DNA yang acak. Nama metode ini berasal dari analogi hasil tembakan shotgun yang menyebar secara quasi-random.

Metode pengurutan DNA berbasis terminasi-rantai ("Pengurutan Sanger") hanya bisa digunakan untuk untai DNA berukuran pendek sekitar 100 hingga 100 pasangan basa. Dikarenakan limitasi ukuran tadi, sekuens yang lebih panjang akan dibagi menjadi bagian-bagian yang lebih kecil agar bisa diurutkan secara terpisah, lalu hasil pengurutan bagian-bagian kecil tadi akan disatukan untuk mendapatkan sekuens keseluruhan.

Dalam metode shotgun, ^[1][2] DNA dipecah menjadi banyak segmen kecil secara acak, kemudian diurutkan menggunakan metode terminasi rantai untuk mendapatkan hasil pembacaan. Pembacaan yang tumpang tindih dari DNA target didapatkan dari perlakuan fragmentasi dan pengurutan secara berulang kali. Kemudian, program komputer akan menggunakan berbagai hasil pembacaan yang tumpah untuk menyatukan hasilnya menjadi urutan yang kontinu.^[1]

Metode pengurutan shotgun adalah salah satu teknologi pendahulu yang berperan besar dalam menghadirkan pengurutan seluruh genom.

1. ^ ^{a b} Staden, R (1979). "A strategy of DNA sequencing employing computer programs". Nucleic Acids Research. 6 (70): 2601–10. doi:10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874 . PMID 461197. 
2. ^ Anderson, S (1981). "Shotgun DNA sequencing using cloned DNase I-generated fragments". Nucleic Acids Research. 9 (13): 3015–27. doi:10.1093/nar/9.13.3015. PMC 327328 . PMID 6269069.